Der Vorteil bei den Barebones ist halt, das du eine saubere Lösung hast die sicher funktioniert, eine Falle macht, und recht leise ist. Komponenten wie Netzteil/Motherboard/Kühlung sind sauber aufeinander ausgerichtet, und du musst dir damit nicht selber den Kopf zermatern.
Bei Towern ist das meistens nicht der Fall, vorallem was den Geräuschpegel angeht.